از زمان رسول‌الله صلی‌الله‌علیه‌وسلم تا به امروز، کفار و منافقین در برابر دین مبارک اسلام مواضع محکمی گرفته‌اند اما بیشترین ضرر به جامعه و نظام اسلامی از سوی خوارج بوده است.
خوارج قدیم به دلیل افراط‌گرایی خود، مردم را به‌خاطر گناهان صغیره مرتد می‌دانستند و به بهانه‌های بسیار ناچیز علیه خلافت‌های اسلامی دست به بغاوت می‌زدند؛ نخستین مرحله‌ی اندیشه‌ی آن‌ها از زمانی آغاز شد که عبدالله ذوالخویصره به دلیل افراط‌گرایی، کم‌عقلی و بی‌ادبی به رسول‌الله صلی‌الله‌علیه‌وسلم گفت: “ای محمد، عدالت کن!” در حالی که رسول‌الله صلی‌الله‌علیه‌وسلم عادل‌ترین و با انصاف‌ترین فرد در میان مردم بود.
آنگاه آن‌حضرت صلی‌الله‌علیه‌وسلم در باره وی فرمودند: ان من ضئضئ هذا قوماً یقرءون القرآن لا یجاوز حناجرَهم یقتلون اهل الاسلام ویدعون اهل الاوثان یمروقون من الاسلام کما یمرق السهم من الرمیة لئن ادرکتهم لاقتلنهم قتل عاد.
ترجمه: از نسل این مرد، قومی ظهور خواهد کرد که قرآن کریم را تلاوت می‌کند اما از گلوی شان پایین نمی‌رود، از اسلام خارج می‌شوند همانند تیر که از کمان بیرون می‌رود، مسلمانان را می‌کشند و کافران را رها می‌کنند، اگر من آن‌ها را دریافتم مانند عاد آن‌ها را می‌کشم.
ظهور خوارج در زمان حضرت عثمان و علی رضی‌الله‌عنهما رخ داد اما قدرت و بغاوت‌های آن‌ها علیه مسلمانان در دوران خلافت علی و معاویه رضی‌الله‌عنهما و سپس در زمان خلافت امویان، به‌ویژه در دوره عبدالملک بن مروان و ولید بن عبدالملک، به اوج خود رسید.
در دوران خلافت عباسی نیز فتنه‌ی خوارج در برخی مناطق وجود داشت و خلفایی مانند هارون رشید علیه آن‌ها جنگ‌های سختی را به پیش بردند، هرچند شمار آن‌ها در این زمان به اندازه‌ی دوران اموی نبود.
هرچند در اواخر، علیه خلافت عثمانی، فتنه‌ب خوارج تقریباً از بین رفته بود اما در برخی مناطق دورافتاده، آن‌ها تلاش می‌کردند که اندیشه‌های خود را ترویج دهند. با این حال، به دلیل ضعف نهایی‌شان، نتوانستند دست به بغاوت بزنند.
با سقوط خلافت عثمانی، خوارج نیز پراکنده و خاموش شدند زیرا دولتی قدرتمند مسلمانان وجود نداشت که علیه آن بغاوت کنند. اما چند دهه بعد، زمانی که مجاهدین بار دیگر در منطقه قدرت گرفتند و احتمال احیای خلافت افزایش یافت، گروه خوارج دیگری به نام داعش ظهور کرد.
افکار و اعمال داعشیان دقیقاً از اندیشه‌های خوارج قدیم سرچشمه می‌گرفت؛ آن‌ها تمام کسانی را که با دعوت داعش مخالفت می‌کردند، مرتد اعلام کردند، زنان مسلمانان و مجاهدین را کنیز نامیدند و مرتکبان گناه کبیره را مرتد شمردند.
علاوه بر این، بسیاری از علما، مجاهدین و شخصیت‌های برجسته جهان اسلام را به شهادت رساندند؛ در اماکن عمومی، بازارها، مساجد و مراکز تعلیمی دست به انفجارهای وحشیانه زدند و با افراط‌گرایی خود، مسلمانان را دچار مشکلات و زیان‌های فراوان کردند.
در نتیجه، علمای دین و مجاهدین سراسر جهان اسلام به‌صورت یک‌پارچه برای نابودی این فتنه مبارزه کردند و آن را در برابر مسلمانان خاموش کردند. در حال حاضر، فتنه‌ی داعش تا حد زیادی تضعیف و محو شده است اما برخی حلقات استخباراتی هنوز هم تلاش دارند این فتنه را علیه مسلمانان زنده نگه دارند.