ایجاد مرکز قیادت:
هنگامی که لشکر در جایگاه خود مستقر شد، سعد بن معاذ رضی‌الله‌عنه به پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم پیشنهاد داد که برای شما یک چادر برپا کنیم تا در صورت بروز شرایط اضطراری و احتمال شکست، از آنجا برنامه‌ریزی شود و اوضاع به خوبی کنترول گردد. اگر پیروز شویم، هدف ما همین است و اگر شکست بخوریم، برای شما اسب‌های تندرو آماده خواهند بود تا شما به سلامت به مردم برسید، زیرا مردم پشت‌سر ما به شما علاقه‌مند هستند. اگر آن‌ها می‌دانستند که نبرد رخ خواهد داد، قطعاً پس از شما باقی نمی‌ماندند و حتماً به کمک می‌آمدند.
پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم سعد را تمجید نمود و برای وی دعای خیر کرد. سپس در نقطه‌ای بلند در شمال شرقی میدان جنگ، چادری برپا شد و گروهی از انصار به فرماندهی سعد بن معاذ رضی‌الله‌عنه مسئول حفاظت از این مرکز فرماندهی شدند.
حضرت علی رضی‌الله‌عنه روایت می‌کند که در آن شب، همه لشکر به خواب رفتند، به جز پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم که به درگاه خداوند دعا می‌کرد و گریه می‌کرد. (رواه الطبرانی)
همچنان انس از عمر فاروق رضی‌الله‌عنه روایت می‌کند که پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم در آن شب به میدان بدر رفت و مکان‌های کشته شدن سران قریش را به ما نشان داد. راوی می‌افزاید: به خدا قسم! کسی از آن مکان‌ها سالم عبور نکرد که پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلم مشخص کرده بود. (رواه مسلم، باب من یقتل ببدر)
شب صبح شد و لشکرها روبروی هم قرار گرفتند:
شب هفدهم ماه رمضان صبح شد. پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم صدا کرد: «الصلوة عباد الله» (ای بندگان خدا! وقت نماز است). پس از آن، پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلم در کنار یک درخت ایستاد و تمام لشکر به امامت او نماز صبح را به جای آوردند.
پس از نماز، لشکر مکه به سمت میدان بدر حرکت کرد و لشکر اسلام نیز به سمت میدان بدر پیشروی کرد. دو لشکر روبروی هم قرار گرفتند. هنگامی که پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم قدرت لشکر کفر را دید، این دعا را خواند: «اللهم هذه قریش قد أقبلت بخیلائها و فخرها تحادک، و تکذب رسولک، اللهم فنصرک الذي وعدتني، اللهم احنهم الغداة.»
ترجمه: خدایا! این قریش با غرور و تکبر در حالی به سوی ما آمده‌اند که با تو دشمنی می‌کنند و پیامبر تو را تکذیب می‌کنند. خدایا! نصرتی که به من وعده داده‌ای، امروز آن را محقق کن. خدایا! امروز آن‌ها را شکست ده.
سپس لشکر را منظم کرد و صف‌ها را مانند صف‌های نماز آراست؛ اولین صف از نیزه‌داران تشکیل شد تا از هجوم سواره‌ها جلوگیری کنند. پس از آن، صف‌های تیراندازان و شمشیرزنان قرار گرفتند. در میدان نبرد سه پرچم وجود داشت: یکی با علی رضی‌الله‌عنه، دیگری با مصعب بن عمیر و سومی با یکی دیگر از صحابه انصار بود.
به سربازان لشکر دستور داد: «إذا دنا القوم فانضحوهم بالنبل» (وقتی دشمن نزدیک شد، آن‌ها را با تیر بزنید) سپس افزود: «ولا تسلوا السیوف حتی یغشیکم» (تا زمانی که صفوف دشمن به هم نریخته‌اند، شمشیرها را از غلاف بیرون نیاورید). همچنین گفت: «واستبقوا نبلکم» (تیرهای خود را حفظ کنید و با احتیاط استفاده کنید تا تمام نشوند).
اگر به این توصیه‌ها و دستورات توجه کنیم، متوجه می‌شویم که این‌ها دستورات یک انسان عادی نیستند؛ هر یک از این توصیه‌ها حکمت‌های خاص خود را دارد که باعث شد لشکر کوچک و کم‌تجهیز بر لشکر بزرگ و مجهز پیروز شود. این مدیریت صحیح بود که وعده نصرت را محقق کرد.
عجیب این بود که پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم در همان روز به میدان فرود آمد و متوجه شد که رخ لشکر به سمت شرق و خورشید است؛ از همین‌رو دستور داد تا به سمت غرب بچرخند تا خورشید در طول جنگ مزاحمتی ایجاد نکند. به این ترتیب، صورت لشکر کفر به سمت خورشید قرار گرفت.
سپس برای لشکر اسلام سخنرانی کرد و فضایل جهاد را برای آن‌ها بیان نمود. به آن‌ها گفت: «قوموا إلی جنة عرضها السموات والارض» (به سوی بهشتی بروید که پهنه‌اش به اندازه آسمان‌ها و زمین است).
عمیر بن الحمام که این سخنان را شنید، گفت: «بخ بخ» پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم به او فرمود: «چرا چنین می‌گویی؟»
عمیر پاسخ داد: «ای رسول خدا! آرزو دارم که از اهل این بهشت باشم.»
پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلم فرمود:«تو از اهل آن هستی.»
سپس عمیر سه خرما از جیب خود بیرون آورد و شروع به خوردن کرد و گفت: «تا زمانی که این خرماها را می‌خورم، عمرم طولانی خواهد شد.» سپس آن‌ها را انداخت و تا آخرین قطره خون با کفار جنگید و در نهایت به شهادت رسید.
هنگامی که پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وسلم صفوف را منظم می‌کرد، تیری در دست داشت که به سبب آن صفوف را برابر می‌کرد. در این لحظه، یکی از صحابه به نام سواد بن غزیه از صف خارج شد. پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلم با نیزه به شکم او زد.
سواد گفت: «ای رسول خدا! شکم من را به درد آوردی، قصاص می‌خواهم.»
پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلم شکم مبارک خود را برهنه کرد و گفت: «قصاص بگیر.»
سواد شکم پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلّم را بوسید و گفت: «ای رسول خدا! شرایط را می‌بینی، می‌خواستم در آخرین لحظات پوستم را به پوست بدن شما بچسبانم.» سپس پیامبر صلی‌الله‌علیه‌وسلم برای او دعای خیر کرد.