خوارج در هر عصر، تیرهای باطل خود را بر سینه‌ی امت اسلامی (همبستگی مذهبی و عقیدتی، وحدت و پیشرفت) بی‌دریغانه استفاده کرده است، آن‌ها به‌سبب افراط‌گرایی و سخت‌گیری خود آسیب‌های بزرگی به امت وارد نموده است که تأثیرات خود را در زمینه‌های سیاسی، مذهبی و اجتماعی نشان داده است.
افراط‌گرایی و تندروی خوارج نه تنها موجب بی‌ثباتی سیاسی شد، بلکه اختلافات و نزاع‌های زیادی را میان مسلمانان نیز ایجاد کرد، که برخی از مهم‌ترین آسیب‌های آنان به شرح زیر است:
۱-: سخت‌گیری و افراط‌گرایی؛
خوارج در مسائل دینی سخت‌گیر بودند و هر نوع خطا یا گناه را کفر و ارتداد می‌دانستند، مسلمانانی را که با آن‌ها اختلاف داشتند، دشمن دین تلقی کرده و مستحق قتل می‌پنداشتند. این طرز فکر افراطی از رحمت و اعتدال اسلام بود و باعث ریختن خون‌های زیادی شد.
۲-: ایجاد تفرقه و نفاق میان مسلمانان؛
خوارج به سبب عقاید سخت‌گیرانه و اقدامات افراطی خود، بین صفوف مسلمانان اختلاف ایجاد کردند، سبب ناامنی و جنگ در جامعه شدند و باعث ریختن خون‌ها و وقوع جنگ‌های داخلی میان مسلمانان گردید.
۳-: تضعیف حکومت‌های اسلامی؛
خوارج علیه حاکمان مشروع به بغاوت و جنگ پرداختند، به‌ویژه در زمان خلافت حضرت علی رضی‌الله‌عنه از حکومت مشروع جدا شدند و گروه‌های مستقلی تشکیل دادند، این بغاوت‌ها موجب ضعف حکومت‌های اسلامی و بی‌ثباتی‌های داخلی گردید.
۴-: تکفیر و کشتار مسلمانان؛
خوارج به‌راحتی افرادی را که با آن‌ها اختلاف عقیدتی یا سیاسی داشتند، کافر می‌خواندند، بر اساس تکفیر خود خون مسلمانان را می‌ریختند و به جنگ‌ها می‌پرداختند. این عمل جامعه اسلامی را گرفتار نفاق و کشمکش‌ها کرد و منجر به کشتار مسلمانان بی‌گناه شد.
۵-: آسیب به تصویر واقعی اسلام؛
اقدامات سخت‌گیرانه افراطی خوارج به تصویر نرم و رحیم اسلام آسیب رساند؛ افراط‌گرایی، قتل‌ها و جنگ‌های آنان باعث شد تا برخی افراد اسلام را به‌گونه‌ای نادرست بشناسند و افکار افراطی و خشونت‌آمیخته میان مسلمانان گسترش یابد.
۶-: بی‌ثباتی سیاسی؛
خوارج در دوران خلافت عباسی و اموی در مناطق مختلف بغاوت‌ها و جنگ‌هایی به راه انداختند. آنان چندین بار در عراق، ایران، شمال آفریقا و عربستان علیه حکومت قیام‌های مسلحانه کردند که تأثیرات نامطلوبی بر ثبات سیاسی خلافت اسلامی داشت.
این بغاوت‌ها و جنگ‌های داخلی، قدرت خلافت را تضعیف کرد و فرصتی برای سایر دشمنان فراهم آورد.
به‌طور مجموع، خوارج در مسیر پیشرفت تاریخی امت اسلامی موانع جدی ایجاد کردند و تندروی و افراط‌گرایی آنان، تأثیرات منفی درازمدتی در تاریخ جهان اسلام برجای گذاشت.