خوارج در تاریخ اسلام، سابقه‌ای طولانی و مملو از افراط‌گرایی دارند، اساس تفکر این گروه بر این باور استوار است که هر مسلمانی مرتکب گناه کبیره شود، کافر محسوب می‌گردد.
ظهور گروه خوارج در ابتدا زمانی رخ داد که اختلاف بر سر قصاص قاتلان حضرت عثمان رضی‌الله‌عنه میان حضرت علی رضی‌الله‌عنه و معاویه رضی‌الله‌عنه شکل گرفت و در نهایت به شهادت هزاران مسلمانان به‌طور ناگهانی منجر شد.
پس از آن، حضرت علی و حضرت معاویه رضی‌الله‌عنهما هیئتی را برای صلح تعیین کردند؛ هر دو طرف نمایندگان خود را معرفی کردند و با دادن اختیارات کامل به آن‌ها، تعهد نمودند که از هر تصمیم شرعی هیئت مذکور انکار نخواهند کرد.
با این اقدام، ظهور خوارج آغاز شد؛ آن‌ها انتخاب نمایندگان توسط حضرت علی را در تضاد با اسلام دانسته و با سر دادن شعار “لاحکم الا لله” به رهبری حرقوص بن زهیر از حضرت علی رضی‌الله‌عنه جدا شدند.
حضرت علی رضی‌الله‌عنه در ابتدا خوارج را به حال خود رها کرد، اما زمانی که نفاق، افراط‌گرایی و فساد آن‌ها در میان مسلمانان آشکار شد، تصمیم به جنگ علیه آنان گرفت. در سال ۳۸ هجری قمری، در نبردی سخت در منطقه نهروان، اکثریت خوارج توسط سپاه حضرت علی رضی‌الله‌عنه کشته شدند و جامعه اسلامی را در آن زمان از فتنه خوارج نجات بخشید.
پس از وفات حضرت علی رضی‌الله‌عنه خوارجی که از نبرد نهروان جان سالم به در برده و در جزیره‌العرب و مناطق اطراف از ترس شمشیرهای مسلمانان پنهان شده بودند، در دوره خلافت امویان بار دیگر با قیام علیه عبدالملک بن مروان، ولید بن عبدالملک و سایر حکام ظهور کردند.
آن‌ها بر اساس عادت همیشگی خود دشمنی با عبدالملک بن مروان را آغاز کردند و به بهانه‌ی اینکه خلافت نباید موروثی باشد، تمام امویان را مرتد می‌دانستند. عبدالملک بن مروان با خوارج به‌سختی جنگید تا این فتنه بزرگ را تا حدی آرام ساخته و از صحنه بیرون راند.
پس از آن، خوارج در دوره خلافت سلیمان بن عبدالملک، عمر بن عبدالعزیز و چند خلیفه دیگر نیز وجود داشتند، اما فعالیت آن‌ها بیشتر در مناطق دورافتاده بود.
در دوران خلافت عباسی نیز خوارج در مناطقی چون خراسان و عراق حضور داشتند، اما تعدادشان اندک بود و تهدیدی جدی برای خلافت به شمار نمی‌رفتند. همچنین در برابر دولت‌های بزرگ اسلامی نظیر مرابطون، سلجوقیان، غزنویان و سایر حکومت‌ها نیز گروه‌هایی افراط‌گرا مشابه خوارج وجود داشتند که گاهی دولت‌های مسلمان را با ضعف مواجه کرده‌اند.
در دوره خلافت عثمانی، خوارج وجود نداشتند اما گروه‌های کوچک و مشابهی وجود داشتند که افراط‌گرایی و سخت‌گیری را ترویج می‌دادند. پس از این دوران، خوارج بار دیگر در سال ۲۰۱۳ میلادی به نام داعش در عراق ظاهر شدند.
این خوارج جدید نیز مانند پیشینیان خود به افراط‌گرایی و تندروی روی آوردند و هزاران مسلمان را در عراق، سوریه، لیبی و افغانستان به شهادت رساندند. اما الحمدلله با روی کار آمدن امارت اسلامی، ریشه داعش در افغانستان برچیده شد و مسلمانان مظلوم از شر آن‌ها در امان ماندند.