در سال (۲۶۲ هجری) قاصد محمد بن هاشم، والی مکه مکرمه، به دربار سلطان ارسلان رسید. قاصد خبر داد که در مکه خطبه به نام خلیفه القائم و سلطان ارسلان خوانده خواهد شد و در آینده بر قوانین خلافت عباسی تأکید خواهد شد، نه بر امپراتوری فاطمیان (عبیدیان).
قاصد افزود؛ در مکه مکرمه در آینده عباراتی مانند «حی علی العمل» و دیگر عبارات شیعیان در اذان گفته نخواهد شد. سلطان به نماینده مکه مکرمه احترام زیادی گذاشت و سی هزار دینار برای والی مکه فرستاد و گفت: “اگر والی مدینه نیز چنین کند، بیست هزار دینار نیز به او تقدیم خواهد شد.”
فتوحات الپ ارسلان دومانوس دیوجینس، امپراتور روم را نگران کرد و عزم مصمم گرفن که به هر قیمتی از امپراتوری خود دفاع کند. تمام لشکر و اردو را علیه سلجوقیان آماده کرد؛ جنگ‌های خونینی بین نیروهای سلجوقی و رومی رخ داد. جنگ «ملاذکرت» که از اهمیت بالایی برخوردار است، در سال (۴۶۳ هجری) مصادف با (۱۰۷۱ میلادی) اتفاق افتاد.
ابن کثیر در این باره نوشته است: در این جنگ دومانوس، امپراتور روم لشکرهایی به بزرگی کوه‌ها را به میدان فرستاد. در این لشکرها سربازانی از روم، روسیه، بریتانیا و دیگر کشورها حضور داشتند. علاوه بر این، دومانوس آمادگی کامل برای جنگ داشت. در این لشکرها ۳۵ فرمانده (بطریق) حضور داشتند و با هر یک از آنها دوصد هزار سواره‌نظام همراه بودند. همچنین در این لشکر ۳۵ هزار فرنگی و ۱۵ هزار جنگ‌جوی دیگر که با قسطنطنیه در ارتباط بودند، حضور داشتند.
علاوه بر این، صد هزار نقاب‌پوش و صد هزار زمین‌دانان نیز در این لشکر شرکت داشتند. همچنین سیصد گاری حمل‌ونقل وجود داشت که لباس‌ها، سلاح‌ها، زین‌های اسب‌ها، منجنیق‌ها و ابزارهای تخریب قلعه‌ها را حمل می‌کردند. در میان این منجنیق‌ها، یکی وجود داشت که هزار و دوصد نفر آن را به حرکت درمی‌آوردند. دومانوس تمام این لشکرها را برای نابودی اسلام و مسلمانان آماده کرده بود.
او به قدری مغرور بود که قبل از جنگ، مناطق اسلامی را به نام افراد خود نام‌گذاری کرد. برنامه آنها این بود که پس از به دست آوردن عراق و خراسان، در یک حمله سریع، شام را نیز از مسلمانان بازپس بگیرند. اما تقدیر بر خلاف خواسته آنها عمل کرد و به آنها خندید. [لعمرک انهم لفی سکرتهم یعمهون] (الحجر: ۷۲)
سلطان ارسلان و لشکر روم روز چهارشنبه در منطقه الزهوه با یک‌دیگر روبرو شدند. پنج روز به پایان ماه ذی‌القعده باقی مانده بود. ارسلان وقتی تعداد لشکر روم را دید، نگران شد اما فقیه ابو النصر محمد بن عبدالمالک بخاری، که از بزرگان حنفی بود، به سلطان مشورت داد و به او گفت: “جناب سلطان! وقتی در روز جمعه خطیب خطبه می‌خواند و برای مجاهدان دعا می‌کند، در این زمان به دشمن حمله کنید، خداوند به برکت دعای مسلمانان، پیروزی را به شما عطا خواهد کرد.”
وقتی آن زمان فرا رسید و دو طرف برای جنگ آماده شدند، سلطان ارسلان از اسب خود پیاده شد، سرش را به زمین گذاشت و ریش خود را با خاک آلوده کرد. او در پیشگاه خداوند دست‌هایش را برای کمک و پیروزی بلند کرد. خداوند به مسلمانان کمک کرد و سرهای مسیحیان را به زیر کشید. نیروهای اسلامی آنها را تقریباً به خاک مذلت کشاندند و امپراتور روم، دومانوس با فرمانده لشکر اسیر شدند.
دومانوس را یک برده رومی به اسارت گرفته بود. وقتی امپراتور روم نزد سلطان الپ ارسلان آورده شد، سلطان سه ضربه با دستان خود به او زد و پرسید: اگر من اسیر می‌شدم و نزد تو آورده می‌شدم، تو با من چه می‌کردی؟ دومانوس پاسخ داد: با تو بسیار بد رفتار می‌کردم. الپ ارسلان پرسید: در مورد من چه فکر می‌کنی؟ گفت: تو مرا خواهی کشت، یا در کشورم رسوا می‌کنی، یا مرا می‌بخشی، یا از من فدیه می‌گیری و آزادم می‌کنی.
الپ ارسلان گفت: قصد من این است که از تو فدیه بگیرم و تو را آزاد کنم. سلطان ۱۵۰۰ هزار اشرفی از او گرفت و او را آزاد کرد. هنگام رفتن، سلطان نوشیدنی‌هایی به دومانوس داد. دومانوس از رفتار خوب و محبت‌آمیز سلطان بسیار تحت تأثیر قرار گرفت و سرش را به نشانه احترام پایین آورد.
سلطان از روی مهربانی ده هزار دینار از فدیه را برای هزینه سفر به او بخشید و گروهی از اسیران را آزاد کرد و همراه او فرستاد تا امپراتور تنها سفر نکند. علاوه بر این، او یک گروه محافظ نیز همراه او فرستاد تا کسی به امپراتور آسیبی نرساند. همراه محافظان پرچمی بود که روی آن نوشته شده بود: «لا اله الا الله محمد رسول الله».
الپ ارسلان با لشکری کوچک که تعدادشان از پانزده هزار نفر بیشتر نبود، به صد هزار سرباز دومانوس شکست داد. این اتفاق کوچکی نبود؛ این واقعه باعث شکست رومیان شد و ضربه سختی به نفوذ امپراتوری روم در بسیاری از مناطق آسیای صغیر وارد کرد. این مناطق بخشی از پایه‌های امپراتوری روم بودند. این پیروزی بزرگ سلجوقیان، امپراتوری بیزانس را به طور تاریخی تضعیف کرد، تا جایی که زمان سقوط این امپراتوری به دست عثمانی‌ها فرا رسید.
الپ ارسلان فردی متقی و پرهیزگار بود. او از تمام ابزارهای مادی و معنوی برای پیروزی استفاده می‌کرد. او به دلیل حضور در مجالس علما، بخت خوبی داشت؛ به سخنان آنها گوش می‌داد و بر اساس آنها عمل می‌کرد.
این فرمانده بزرگ اسلام توسط یک باغی به شهادت رسید. این باغی یوسف خوارزمی نام داشت. سلطان الپ ارسلان در دهم ربیع‌الاول سال (۴۶۵ هجری) مصادف با (۱۰۷۲ میلادی) به شهادت رسید و در شهر مرو در کنار پدر خود به خاک سپرده شد. او پس از خود، شاه را به عنوان جانشین بر جای گذاشت.