آن عالم بزرگوار و باعزتی که تربیت ایمانی محمد فاتح را بر بنیاد اسلام و احسان سامان داد، نه تنها دارندهٔ علوم گستردهٔ دینی و یک صوفی وارسته بود، بلکه در گیاهشناسی، طب و علوم طبیعی نیز دانش ویژه داشت. او بر پایهٔ علوم زمانهٔ خویش از نامآورترین عالمان بهشمار میرفت. در علم گیاهان چنان در شناخت و بهکارگیری کودها و گیاهان برای درمان بیماریها به کمال رسیده بود که در میان مردم زبانزد بود که: «گیاهان با آق شمسالدین سخن میگویند.»
امام شوکانی در بارهٔ او مینویسد: «او نه تنها طبیب دلها، بلکه طبیب بدنها نیز بود. روایت مشهور این بود که درختان و گیاهان با وی سخن میراندند و میگفتند: من داروی فلان بیماریام! در هنگام فتح قسطنطنیه برکت و برتری او آشکار شد. شیخ همانگونه که به درمان بیماریهای نفسانی توجه داشت، به معالجهٔ بیماریهای جسمانی نیز عنایت میورزید.»
شیخ شمسالدین بهویژه به درمان بیماریهای ساری اهمیت میداد. این بیماریها در آن زمان سبب مرگ هزاران انسان میشدند. او در این باره کتابی به زبان ترکی نوشت که «مادة الحیاة» نام دارد. در جایی مینویسد: «این پندار نادرست است که بیماری ناگهانی پدید میآید؛ حقیقت این است که بیماری به صورت مسری از فردی به فرد دیگر منتقل میشود. آن کرمهایی که این بیماریها را پخش میکنند بسیار ریزند؛ آنقدر کوچکاند که با چشم دیده نمیشوند، اما زندهاند.»
به همین سان، شیخ شمسالدین نظریهٔ میکروب (Microbe) را نیز مطرح کرد. این سخن در قرن پانزدهم میلادی بود؛ در روزگاری که هنوز میکروسکوپ (Microscope) وجود نداشت. او نخستین کسی بود که این نظریه را بیان داشت؛ چهار قرن پس از او بود که لویی پاستور، دانشمند فرانسوی، زاده شد و در شیمی و زیستشناسی پژوهشهایی کرد و به همان نتایجی رسید که شیخ شمسالدین چهار سده پیش بدان دست یافته بود.
شیخ آق شمسالدین رحمهالله دربارهٔ بیماری سرطان نیز تحقیق کرده و این موضوع را در آثار خود نوشته است. دو کتاب او «مادة الحیاة» و «کتاب الطب»، دربارهٔ طب هستند و به زبان ترکی و عثمانی تألیف شدهاند. او همچنین در موضوعات گوناگون هفت کتاب به زبان عربی نگاشته است که عبارتاند از:
۱. حل المشکلات؛
۲. الرسالة النوریة؛
۳. مقالات الأولیاء؛
۴. رسالة فی ذکر الله؛
۵. المتائن؛
۶. دفع المتائن؛
۷. رسالة فی شرح حاجی بحرام ولی.
چون شیخ نیاز به بازگشت به زادگاه خود را احساس کرد، به قونیوک ــ سرزمین اصلیاش ــ رفت. هرچند سلطان به او بسیار اصرار کرد که در استانبول (قسطنطنیهٔ پیشین) بماند، اما شیخ در سال ۸۶۳ هجری قمری / ۱۴۵۹ میلادی درگذشت. خداوند بر او رحمتهای خویش فرو فرستد، او را بیامرزد و از او خشنود گردد.
از سوی خداوند این سنت جاریست که هرگز فاتحی ربانی و رهبری بلندمقام ظهور نمیکند، مگر آنکه از عالمان ربانی آموزش، تربیت و هدایت بیابد. در این زمینه نمونههای فراوان وجود دارد؛ همچون نقش عبدالله بن یسین در تربیت یحیی بن ابراهیم در دولت مرابطین یا نقش قاضی فاضل در پرورش سلطان صلاحالدین ایوبی در دولت ایوبیان. در این کتاب نیز نقش خواجه شمسالدین رحمهالله در تربیت و شکلگیری شخصیت محمد فاتح برجسته شده است.
خداوند رحمتهای خویش را بر این امت پاک نازل کند، تلاشهای عالمانش را بپذیرد و یاد آنان را در میان خیرخواهان بلند گرداند. فتح قسطنطنیه رویدادی بزرگ در تاریخ جهان، بهویژه تاریخ اروپا و رابطهٔ آن با اسلام است. تاریخنگاران اروپایی این پیروزی را سرآغاز دوران نوین و پایان قرون وسطا دانستهاند.