خوارج مخالفت و دشمنی شدیدی با بنی‌امیه داشتند، آن‌ها از زمان حضرت معاویه رضی‌الله عنه تا پایان خلافت اموی در دوره‌های مختلف برای مسلمانان مشکل‌ساز بودند.
در زمان عبدالملک بن مروان خوارج در مناطق جزیرة العرب، یمن، عراق و شام بسیار قدرت‌مند بودند و با افکار افراطی خود گروه‌هایی را به سمت گمراهی سوق می‌دادند، این افراد نه‌تنها برای ترویج منهج خود مبارزه می‌کردند بلکه خلافت و قدرت امویان را نیز نمی‌پذیرفتند.
پس از وفات حضرت معاویه رضی‌الله عنه، یزید بن معاویه جانشین خلافت شد و بسیاری از صحابه کرام برجسته و اکثریت مردم از بیعت با یزید خودداری کردند.
یکی از این افراد عبدالله بن زبیر رضی‌الله عنه بود او از بیعت با یزید خودداری کرد و خلافت مستقلی را اعلام نمود، هنگامی که عبدالله بن زبیر رضی‌الله عنه بر علیه یزید بن معاویه رضی‌الله عنه ادعای خلافت کرد، چند تن از رهبران خوارج نزد او آمدند و گفتند: «اگر تو عقاید ما را بپذیری، ما آماده‌ایم در مقابله با بنی‌امیه هرگونه کمک و حمایتی را به تو ارائه دهیم».
این خوارج به‌دلیل کینه و دشمنی دیرینه خود؛ نسبت به عثمان رضی‌الله عنه، علی رضی‌الله عنه، طلحه رضی‌الله عنه و زبیر رضی‌الله عنه نظر منفی داشتند، به‌ویژه نسبت به حضرت علی رضی‌الله عنه به این دلیل که در جنگ نهروان تقریباً چهار هزار نفر از همراهان آن‌ها را که پس از توافق صلح بین معاویه رضی‌الله عنه و علی رضی‌الله عنه با شعار «لاحُکمَ إلّا لله» شورش کرده بودند، کشته بود.
این خوارج که در نواحی اطراف پنهان شده بودند، اکنون برای حمایت از عبدالله بن زبیر رضی‌الله عنه در خونریزی میان مسلمانان وارد میدان شدند.
وقتی نظر عبدالله بن زبیر رضی‌الله عنه درباره این صحابه پاک پرسیده شد برخلاف انتظار خوارج او این چهار صحابه بزرگ را بسیار ستود و در سخنرانی طولانی خود؛ عقاید خوارج را رد کرد.
خوارج با دیدن موضع عبدالله بن زبیر رضی‌الله عنه، بسیار ناراحت و ناامید شدند و او را نیز دشمن خود دانستند، سپس به مناطق خود بازگشتند و به شورش پرداختند، در نهایت این شورش‌ها توسط مصعب بن زبیر، مهلب و حجاج سرکوب شد و خلافت عبدالملک بن مروان از شر و فتنه‌های خوارج در امان ماند.