موقف مسلمانان در برابر خوارج در تاریخ و شریعت اسلام به شکل واضحی ثابت شده است. خوارج گروهی بود که از تعلیمات اصلی اسلام منحرف و در پی گسترش افراط‌گرایی بود.
در آموزه‌های اسلامی، خوارج به سبب خشونت و تشدد محکوم شده‌اند و اعمال آنها برخلاف ارزش‌های اسلامی شمرده شده است.
بسیار بعید است که خوارج به آموزه‌های اصلی اسلام پایبند باشند؛ زیرا عقاید و طرز تفکر اساسی آنان با آموزه‌های اصلی اسلامی فاصله زیادی داشت. دارای عقاید افراطی، تند و مشتدد بودند و در اعمال خود خشونت و تندخویی را برگزیده بودند که منجر به کشتار مردم بی‌گناه می‌شدند.
مسلمانان در طول تاریخ اسلام سعی کردند مفاهیم معتدل و صحیحی از اسلام را به خوارج عرضه دارند اما اکثر پیروان شان این موارد را رد کردند.
افکار خوارج به قدری عمیق بود که خود را بر سایر مسلمانان برتر و صالح می‌دانستند و هرکس با عقاید آنان موافق نبود، آنان را خارج از دایره ایمان می‌خواندند.
در برابر موضع افراطی و حضور فیزیکی آنها، مسلمان موظف است در چارچوب شرع اقدامات زیر را انجام دهد.
۱. دعوت به راه حق؛
مسلمانان مکلف اند با ملایمت و درایت، رهنمودهای اصلی و جایگاه معتدل اسلام را به خوارج نشان دهند؛ اگر خواست خداوند چنین بود و آنها با علم و منطق قانع شدند، بهترين راه حل است.
۲. تلاش برای پرهیز از خشونت؛
خوارج در اعتقادات خود تندرو هستند و خشونت را گسترش می‌دهند، اما اسلام مسلمانان را از خشونت غیر ضروری منع می‌کند. پس لازم است اولین تلاش در برابر خوارج دعوت آنان به حق از راه صلح باشد.
۳. از راه جنگ یا حق را بپذیرند یا کشته شوند؛
این در صورتی است که خوارج دست به خشونت می‌زنند و امنیت را تهدید می‌کنند. مانند امروز که یکی از گروه‌های آنها (داعش) حقوق مسلمانان را زیر پا گذاشته و آنها را به ناحق می‌کشند.
در این صورت، هر مسلمان و نهادهای امنیتی نظام اسلامی مکلف اند تا از طریق جنگ برای امنیت و ثبات مسلمانان و جلوگیری از اختلافات و حفظ نظام اسلامی از این فتنه جلوگیری کنند.
در این زمینه می‌توان به دوران خلافت حضرت علی رضی‌الله‌عنه نیز اشاره کرد؛ هنگامی که خوارج عامل جنگ و فتنه شدند، حضرت علی رضی‌الله‌عنه علیه آنها حمله نظامی ترتیب کرد.
افکار افراطی آنها به جای اخلاق اسلامی و تفکر اعتدالی؛ انگیزه‌های تعصب، نفرت و تندرویی را گسترش می‌دهند، اگر این تفکر در جامعه گسترش یابد، مردم از روح اصلی دین منصرف می‌شوند و به سمت تندروی می‌روند.
بر این اساس می‌توان گفت که اگر (خوارج) به همین روش گذاشته شوند، می‌تواند آسیب جدی به ساختار دینی، اجتماعی و فکری امت اسلامی وارد کنند. به‌همین دلیل در تاریخ اسلام اقدامات جدی برای مبارزه با خوارج صورت گرفته است تا وحدت، امنیت و توسعه امت محفوظ بماند.