از آنجایی که داعش یک گروه اجیر و فاسد تکفیری است از همین‌رو همواره در قبال نیروهای حق شکست خورده است، قبل از به قدرت رسیدن امارت اسلامی در زابل، فراه، غور، جوزجان، ننگرهار و کنر شکست سنگینی را در برابر مجاهدین امارت اسلامی متحمل شد و تمامی مراکز تمکین را از دست داد، در حالی‌که اشغالگران و اجیران داخلی به‌شکل غیر مستقیم از آن‌ها حمایت می‌کردند و زمانی که جنگ‌های مقدس علیه داعش انجام می‌شد، اشغالگران؛ مجاهدین را از هوا بمباران می‌کردند؛ و غلامان داخلی برای نجات داعش نیروهایی زمینی و هوایی خود را می‌فرستاند، پس از روی کار آمدن امارت اسلامی، در نتیجه عملیات های کامیابی که علیه داعش انجام شد، شاخه خراسان ۹۰ درصد رهبری خود را از دست داده و نیروی انسانی آن نیز تا حد زیادی نابود شده است.
برخی از سرکردگان و فرماندهان مهم داعش شاخه خراسان که در دو سال و نیم اخیر از بین رفته‌اند، را می‌توان به شرح ذیل نام برد:
_شیخ ضیاءالحق ضیاء: معروف به “شیخ ابوعمر خراسانی” بود. والی پیشین داعش شاخه خراسان و رئیس مکتب الصدیق یا مسئول مدیریت هسته‌ها که در روز فتح کشته شد.
_اسلم فاروقی: والی سابق داعش شاخه خراسان که در ولایت بلخ کشته شد.
_مولوی ضیاءالدین محمد: والی سابق داعش شاخه خراسان و مسئول فعلی اداره قضاء و دعوت که در ولایت بلخ کشته شد.
_انجنیر عمر حیدر: رئیس سابق زون مرکزی داعش شاخه خراسان و معاون فعلی که در شهر کابل کشته شد.
_قاری فاتح: معاون داعش شاخه خراسان و مسئول اداره عملیاتی که در شهر کابل کشته شد.
_داکتر حسین: مسئول زون جنوب و جنوب‌غرب داعش شاخه خراسان و سازمان‌دهنده اصلی حملات انتحاری که در شهر هرات کشته شد.
_احسان الله: معروف به “عمر فاروق” مسئول زون‌های شمال‌شرق و شمال‌غرب و سازمان‌دهنده حملات راکتی بر تاجیکستان و ازبکستان که در شهر قندوز کشته شد.
_یونس ازبک: مسئول تخار که در مرکز ولایت تخار کشته شد.
_قاری سلیم: مسئول تخار که در ولایت تخار در نزدیکی مرز تاجیکستان کشته شد.
_مصطفی درویش‌زاده: مسئول هرات که در ولایت هرات کشته شد.
_فیروز: مسئول لغمان که در ولایت لغمان کشته شد.
_یوسف تاجیک: یکی از مقامات مهم اداره اعلام که در منطقه خیرخانه شهر کابل کشته شد.
_یحیی تاجیک: یکی از مسئولان مهم اداره دعوت که در منطقه خیرخان شهر کابل کشته شد.
علاوه بر افراد مذکور، بسیاری دیگر از مقامات نهادهای مهم و فرماندهان عملیاتی زنده دستگیر شده و صدها نفر یا کشته یا دستگیر شده‌اند، کشته شده‌گان شامل ۳۷ اتباع تاجیکستانی، ۲۵ اتباع پاکستانی و تعدادی از اتباع سایر کشورها هستند، در میان دستگیر شده‌گان ۲ درجن شهروند تاجیکستانی، ۴ درجن شهروند پاکستانی و اتباع چندین کشور دیگر نیز شامل اند.
بر اساس اطلاعات منابع استخباراتی، برخی از سرکرده‌گان داعش شاخه خراسان که هنوز دستگیر یا کشته نشده‌اند، در خارج از افغانستان و در کشورهای همسایه مخفی شده‌اند.
_ثناءالله غفاری: معروف به شهاب المهاجر به اصطلاح والی نام‌نهاد داعش شاخه خراسان است.
_صلاح الدین: که مسئولیت مدیریت مکتب الصدیق در تشکیل گروه داعش را بر عهده دارد، در واقع ریاست یک هسته نفوذی سازمان استخباراتی غربی در تشکیل داعش را بر عهده دارد.
_قاری معاویه: جاسوس بانفوذ و عالی‌رتبه سازمان امنیت ملی رژیم سابق در تشکیلات داعش بود
_سلطان عزیز عزام: جاسوس با نفوذ یکی از کشورهای همسایه و یک تکفیری سرسخت در تشکیل داعش خوارج است و اکنون بخش تبلیغاتی داعش را پیش می‌برد.
در حال حاضر داعش در افغانستان سرکوب شده است. در سال ۱۴۴۴ ه. ق. حملات داعش از ۷۵ درصد به ۹۰ درصد کاهش یافته بود و در اوایل سال ۱۴۴۵ هجری قمری حملات داعش ۹۵ درصد کاهش داشته است.
نمونه بارزش این‌ست که داعش از آغاز سال جدید ۲۰۲۴ عملیات خود را در سراسر جهان اعلام کرده و تاکنون ۱۰۲ حمله انجام داده است که شامل تنها دو حمله کوچک به غیرنظامیان افغانستان می‌باشد.
بر اساس اطلاعاتی که المرصاد از منابع استخباراتی دریافت کرده است، عاملان این حملات نیز دستگیر شده‌اند، پس می‌توان گفت ۹۰ درصد رهبری داعش در افغانستان نابود شده و نیروی انسانی خود را از دست داده‌است. اکنون مرکز داعش شاخه خراسان در خارج از افغانستان است و از آنجایی که توانایی حمله در افغانستان را از دست داده است، تمرکز بیشتری بر سایر نقاط جهان دارد.